Fouilles
En 1989/90 l'Institut national pour le patrimoine architectural - INPA (anc. Service des sites et monuments nationaux) poursuivait des travaux de fouilles archéologiques sur l’enveloppe du Fort Thungen, dans le but de mettre à jour les vestiges résultant du démantèlement des années 1870 à 1876.
La mise à jour révélait finalement que l’ensemble des vestiges se présentait dans un état de qualité archéologique inattendu et valait la peine d’une remise en valeur fondamentale.
Projet
En 1989 la supervision ainsi que l’élaboration de plans, levers, plans de reconstitution furent confiés à l’architecte Robert Becker de Luxembourg et la levée topographique au bureau d'études Schroeder et associés.
Un avant-projet pour l’installation d’un musée de la forteresse dans le Réduit fut alors élaboré en 1991.
De 1992 à 1995 plusieurs décisions politiques furent prises dans le but d’installer sur le même site un Musée d’Art Moderne sur l’enveloppe du Fort Thüngen et un Musée de la Forteresse dans le Réduit du Fort Thungen.
En 1995, un deuxième avant-projet est élaboré par les architectes Becker et Dansart et Jean-Michel Wilmotte de Paris sur la demande de la maîtrise d’ouvrage le Service des sites et monuments nationaux.
Finalement, le 5 décembre 1996, le projet de loi 4191 pour l’Installation d’un Musée de la Forteresse dans le Réduit du Fort Thungen fut voté par la Chambre des Députés sur base de ces 2 avant-projets.
La phase I des travaux se déroulait déjà en 1997 par des mesures de conservation et de restauration. Elle se limitait à la restauration des 3 tourelles et de la 1ère casemate, donc des parties sauvegardées par le démantèlement.
Le Musée National d'Histoire et d'Art fut désigné en 1998 comme conseil en archéologie pour l'ensemble des travaux dans le cadre des Forts Thüngen et Obergrünewald.
La phase II, c’est à dire la restauration et la reconstitution du bâtiment fut exécutée de fin 1999 à juin 2003.